Hinweis: Beim Abruf von Mails per POP3 kann es sein, dass der Client nicht versucht, die Mails vorher gescheiterten Mailserneut herunterzulanden. Sie bekommen also diese Mails über POP3 nicht, es sieht so aus, als seien sie verschwunden.
Was genau passiert hängt vom Client (Mail-Programm) und dessen Einstellungen ab. Ein Standard-Szenario ist, dass der Client die Mails beim Download löscht - dann ist im aktuellen Fall während der Serverprobleme vermutlich der Download gescheitert, aber nicht das Löschen. In diesem Fall finden Sie die Mails über Webmail im "Papierkorb". Wenn Sie die Mails über Webmails aus dem Papierkorb zurückholen, kann der Client sie erneut abrufen - ob er das tatsächlich tut, hängt wiederum vom Client ab.